重组蛋白/VLP疫苗制备过程与一般的重组蛋白制剂相似。但由于表达的蛋白一般是重组表面抗原，因此大多情况下会自动形成VLP（eg：9价HPV疫苗）或某种聚合体（eg：RSV疫苗）。在纯化最后阶段，要注意去除单体和成型不佳的VLP。
值得一提的是，由于有些VLP的颗粒度较大，在形成过程中较易包裹杂质，这样的VLP颗粒会给人体带来副反应。所以需要在纯化前期抑制VLP生成，待纯度较高时通过换液等方式促使VLP生成，或者将前期形成的VLP颗粒去除。
需要注意的是，离子交换层析在吸附时可能破坏VLP结构，造成VLP解体。因此在设计抗原结构时应注意表面电荷作用。
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