金属螯合亲和层析，又称固定化金属离子亲和层析。该方法利用蛋白质表面的一些氨基酸，如组氨酸、色氨酸、半胱氨酸等能和金属离子发生特殊的相互作用，形成稳定的螯合物从而进行分离。主要以配位键结合为主。金属螯合亲和层析具有配体简单、吸附量大、分离条件温和、通用性强等特点，为重组蛋白质的分离纯化提供了一个有力的工具。可以用于各种表达来源（如大肠杆菌、酵母、昆虫细胞和哺乳动物细胞）的组氨酸标签蛋白的纯化。