复合模式层析是在固定相与分析物之间存在一种以上相互作用的层析分离方法。这些技术利用具有功能化配基的介质支持，所述功能化配基同时具有不同的相互作用模式，例如尺寸排阻、亲和、离子交换或疏水相互作用。把这些相互作用组合起来可提高蛋白纯化工艺期间的选择性。